Christian IV gav i 1588 lensmand Jacob Seefeld til Visborggård ordre om at rydde godt op og ombygge ejendommen Mariager Kloster, så den herefter kunne fremtræde som en hensigtsmæssig landbrugsejendom.

Jacob Seefeld lod nonnekoret nedrive og genbrugte nedrivningsmaterialerne til restaurerings- og ombygningsarbejder.

Ti år inde i Trediveårskrigen besattes Mariager i 1626 i et par år af Wallensteins og Tillys lejetropper, der efterlod by og kloster i en miserabel forfatning. Hvad tyskerne ikke nåede at ødelægge, klarede svenskerne under deres besættelse senere i århundredet i 1656-58, og heri ses nok en del af forklaringen på, hvorfor så lidt er bevaret af det givetvis righoldige inventar fra middelalderen, der må have smykket kirken.

Enkelte af kirkens korstole og syngepulte eksisterer fortsat, men man skal til Jacob Seefelds kirke i Visborg øst for Hadsund for at se dem.

I klosterkirken findes fortsat tre middelalderlige træskærerarbejder fra omkring år 1500. »Kristi Grav« og »Smertensmanden« er sammen med kirkens store krucifiks birgittinernes værk.

Den siddende Kristusskikkelse stammer fra et Kristi legemsalter. Denne figur og skikkelsen i den åbne grav er sikkert skabt af samme hånd.

Birgitta har i sine »Åbenbaringer« slået fast, at birgittinerkirkens Kristi legemsalter skal findes ved den nordre hovedindgangsdør i kirkens østende. Nordre indgangsdør åbnedes kun i forbindelse med modtagelsen af en ny nonne, idet forvandlingsprocessen fra verdslig kvinde til Kristi brud indledtes her i kirkedøren foran »Kristi legem«, hvor indvielsen fandt sted med afgivelse af troskabsløfte og modtagelse af vielsesring under udfoldelse af stort ceremoniel.

Den symbolske kiste med den legemsstore Kristusfigur har stået i den del af kirken, hvor de andagtssøgende og valfartende måtte opholde sig, og den har været brugt i forbindelse med påskehøjtiden. Kristi Grav er i antikvarisk forstand en sjældenhed i Danmark.

I nonnernes afsondrede del af klostret fandtes en anden og langt mere ydmyg og prunkløs grav. Denne grav havde en meget væsentlig funktion i birgittinernonnernes dagligdag. Inden den ceremonielle indgang til dagens anden tidebøn i kirken samledes nonnerne ved dette symbol for deres mål med klosterlivet: forberedelsen til døden og foreningen med Kristus i himlen. Hver morgen foretog abbedissen en rituel jordpåkastelse, mens nonnerne sang dødssalmen ved denne symbolske grav. En lignende symbolsk grav ses på billedet fra det sydtyske kloster i Altomünster.

Det store krucifiks har oprindeligt hængt over triumfbuen.

Det store kalkmaleri på korets nordvæg skildrer - som birgittinernes udsmykninger alene måtte det - et motiv fra lidelseshistorien. Figurgruppen forestiller Jesu mor, apostlen Johannes og Simon af Kyrene, mens en soldat med en pisk netop anes til højre for Jesus med korset.

Det er ikke usandsynligt, at jyderne hørte deres første dansksprogede prædiken i Mariager, da netop Birgitta med sin orden indførte, at prædikenen skulle foregå på nationalsproget. Før reformationen taltes prædikenen på latin foran altret.

Prædikestolen er fra 1724. Den latinske indskrift, FRUSTRA, hentyder til, at selv de største jordiske bygningsværker forgæves rejser sig mod himmelen. En meget aktuel indskrift i Mariager Kirke på den tid, da den vældige bygning var stærkt forfalden og truet af sammenstyrtninger.

Klosterlivet ophører endeligt i 1580-erne med søstrene Sidsel og Hilleborg Lykke. Sidsel Lykke er det protestantiske jomfruklosters sidste abbedisse. Efter hendes død i 1582 lever søsteren Hilleborg alene på klostret i endnu tre år. Det adelige jomfrukloster afvikles straks efter hendes død i 1585. Mindetavlen i forhallen i klosteret, der er fra omkring år 1600, er bemærkelsesværdigt nøjagtig. Det sker ikke så tit, at en historisk epokes ophør endog kendes på klokkeslæt.

Altrets kalk og disk af lueforgyldt sølv er skænket kirken af disse to sidste klosterjomfruer, mens messingstagerne er forsynet med Krumpens og Lykkes våben og årstallet 1583.

Vinkanden af sølv er skænket af rektor ved Mariager latinskole, Laurids Mortensen Hassing, 1734. Ifølge en testamentarisk bestemmelse mindes samme rektor Hassing ved, at der altid er blomster på hans ligsten ved døbefonten.

Dåb forekom ikke i kirken i den katolske tid. Byens sognekirke, St. Peder, fandtes, hvor nu Egepladsen ligger. Formentlig derfra stammer klosterkirkens ældste, romanske granitdøbefont, der i 1755 blev erstattet af en mindre svulstig og meget pietistisk trædøbefont. Den nuværende font af gotlandsk sandsten er udført i 1872 af J. B. Løffler.

Middelalderens dåbsskik med at dyppe spædbørnene ned i vand ophørte i Danmark i 1500-1600-tallet. Den nye skik med kun at hælde lidt vand på barnets hoved indførtes formentlig i Mariager i 1637, da den driftige borgmester, Johan Kali, og fru Merete skænkede kirken et dåbsfad. Fadet er af messing og af sydtysk oprindelse. Et udhamret og ciseleret motiv i fadets fordybning viser Marias bebudelse. Lignende fade med det samme motiv findes i en del danske kirker. De repræsenterer halvindustrielt Nürnbergkram på et meget tidligt stadium.

Den generelle nød, der i 1600-årene fulgte af krig, pest og klimaforværring, gjorde livet strengt og polariserede Mariagerfolk i et sådant omfang, at man ved kongeligt dekret direkte måtte gribe ind med forbud mod de mange slagsmål og den megen banden og sværgen i kirken. Stolestaderne, som er fra år 1600, viser ved udskåren heraldik og inskriptioner en klar rangorden mellem rig og fattig. Det skal være usagt, om påmalingen af inskriptionerne er et håndgribeligt udtryk for konsekvens af den landsfaderlige irettesættelse.

Altertavlen er et bemalet træskærerarbejde skænket af Mariager-borgmesteren Hans Nielsen Drostrup og dennes svigersøn, Nikolaus Boberg, omkring 1650. Sognepræst Niels Kall i Als lod i 1694 altertavlen pryde og staffere for egen bekostning.

Rundt om i kirken ses et antal adelige ligsten, der for en dels vedkommende er meget slidte. Her skal omtales et par af de mere interessante, historiske personligheder, brødrene Otte og Stygge Krumpen.

Rigsmarsk Otte Krumpen til Trudsholm ledede Christian II's felttog til Sverige i 1520 og modtog af kongen ridderslaget efter at have sat Sveriges krone på kongens hoved i dagene inden Det stockholmske Blodbad den 8. og 9. november 1520.

Den stormægtige Børglumbisp, Stygge Krumpen, der som en af de sidste gejstlige holdt stand over for de interesser, der gennemførte reformationen i Danmark, var kendt som en god ven af birgittinerne. Hans levnedsforløb blev udødeliggjort af forfatterinden Thit Jensen i romanen »Stygge Krumpen«. Hans ligsten ses som en af de mest velbevarede i kirkens kor, men har oprindeligt sammen med Otte Krumpens ligget i gulvet i det slægtskapel under omgangen, som Krumpenslægten ejede. Den balsamerede Børglumbisp er i nyere tid i lighed med mange andre adelige begravelser flyttet fra gravhvælvingen i kirkens søndre korsarm til en fællesbegravelse på kirkegården.

Der hang i den del af kirken, der skulle nedrives, en mindetavle over velgøreren Thord Deign. For at bevare mindet over denne mand maledes i 1789 på en vægpille det lille våbenskjold med ordene: VELBYRDIG MAND THORD DEIGN, SOM HIDGAV GODT GODS, HANS SJÆL GUD BEVARE.

Thord Deign var midt i 1300-tallet ejer af Bjerregården i Hou, et par kilometer fra Mariager. Han testamenterede en væsentlig del af sin ejendom til benediktinerklostret i Glenstrup, og alt var såre godt, indtil Glenstrups jord af Århusbispen overdroges til birgittinerne som grundstamme i deres nye klosters jordbesiddelser. Thord Deigns arvinger krævede jorden tilbageskødet, men birgittinerne vandt sagen ved en proces i 1440 og havde derfor god grund til at mindes velgøreren fra Hou.