Mariager Kloster opførtes i 1400-tallet i en tid, hvor pavekirken gjorde forsøg på at stramme sig selv op, i en tid, hvor de danske bisper havde større magt end nogen sinde, og i en tid, hvor kon­gemagten var i færd med at tiltage sig forøget magt i forhold til adel og gejstlighed.

Birgittinerordenen, der stiftede klostret, er den sidste af mid­delalderens klosterordener, der opretter klostre i Danmark. Det sker i Maribo i 1418 og i Mariager i 1446. Ordenens moderstiftelse, der fortsat er bevaret, ligger i byen Vadstena i Sverige. Den Hellige Frelsers Orden, Birgittinerordenens korrekte benævnelse, grundlagdes i 1300-tallet af Den Hellige Birgitta, der var af svensk højadel. I opposition til den tids stærkt verdsliggjorte pavekirke udformede hun idegrundlaget for en meget streng klosterorden. Et nonnekloster med tjenestegørende mandlige præster.

Det nye og anderledes ved birgittinerne i forholdet til samtiden var, set fra en kirkegængersynsvinkel, at man nu kunne forstå, hvad der blev sagt, idet Birgitta indførte prædiken på modersmålet, mens alt kirkesprog ellers var latin.

Mænd og kvinder under frivillig indespærring i dobbeltklostre havde romerkirken haft de mest uheldige erfaringer med tidligere i middelalderen. Birgitta genindfører dobbeltklosterprincippet, idet hun dog, som det praktiske menneske denne tænker også var, udformede sin samtids mest detaljerede sæt regler for, hvorledes dette samliv kunne realiseres, så man i dagligdagen opnåede tilstedeværelsen af den højeste grad af åndelig samhørighed mellem kønnene uden nogen grad af fysisk kontakt.

Det var et kompromis i en strid om retten til gammel klosterjord i og omkring Randers, der afgjorde, at birgittinerordenens andet og sidste danske kloster kom til at ligge i Mariager og ikke et sted i Ommersyssel, som landet mellem Randers fjord og Mariager fjord hedder.

Man kender ikke byen Mariagers oprindelige landsbynavn før 1446, idet klostret siden blev så altdominerende en faktor på stedet, at det gamle navn gled ud i glemslen.

Klostret blev anlagt, hvor byens dominerende gård, Lunddal, synes at have ligget. Der er derfor en vis sandsynlighed for, at Lunddal har været byens oprindelige navn. Klosternavnet Mariager optræder derimod første gang i den pavebulle i 1446, der opfordrer biskoppen i Odense, provsten i Lübeck og jysk adel til at værne om Maribo klosters oprettelse af en datterstiftelse i Jylland ved navn 'Mariager'. Alle de gamle birgittinske klostre i Europa knytter sig til navnet Maria.

I sin ordensregel beskriver Birgitta ganske detaljeret og med målangivelser, hvordan kirke og kloster skal bygges. Hun udtænker en indretning, så munke og nonner uden mulighed for nogen fysisk kontakt kunne leve i et åndeligt og spirituelt fællesskab inden for klostrets mure.

Under klostrets opførelse anstrengte man sig ikke kun for at efterleve hendes bestemmelser inden for klostermuren, men også i de nære omgivelser. Ifølge bestemmelserne skulle der være en sø vest for ethvert birgittinerkloster, og da der ikke var nogen sø på det sted i Mariager, anlagde man Kirkesøen, der - sammen med de øvrige kunstigt anlagte søer nær ved - leverede vand til klostermøllen, der lå, hvor Egepladsen er nu.

Klosterfolkets dagligdag var af Birgitta ligeledes planlagt ned til mindste detalje. Ordensreglen beskrev eksempelvis, hvorledes og under ledsagelse af hvilke bønner en nonne skulle rejse sig fra sengelejet om morgenen og rituelt klæde sig på. En bøn, når hun tog sko på, en anden, når hun tog sin kjole på ... og så videre.

Et svar på, hvorfor Klostret blev anlagt netop i Mariager, vil være, at der var en række sammenfaldende omstændigheder, der afgjorde sagen.

Den jord, der udgør Mariager landsogn, ejedes fra 1300-tallet af det nærliggende Glenstrup Kloster. En række østjyske adelsslægter ønskede tidligt i 1400-tallet en respektabel klosterstiftelse og ville derfor have Birgittinerordenen til Jylland. De danske bisper havde på den tid magt til at fusionere jord fra nedlagte klostre. Glenstrup og Randers klostre lukkedes i starten af 1400-tallet. Århusbispen slog jorderne sammen og gav dem til birgittinerne i Maribo. Jorderne, det drejede sig om, var Trondholm enge ved Randers fjord, og hvad der i det store og hele i dag er Mariager landsogn.

Mariager Kloster grundlagdes som en datterstiftelse af Maribo Kloster, og målgruppen var de rige jyske adelsslægter. Det var kun velsituerede, der kunne leve op til ordenens krav om en medgift, der svarede til »brød og drik« på livstid.

Mariager Klosters besiddelser forøgedes hastigt og omfattede ved reformationen flere end 600 godser og gårde - især i Østjylland.

Gennem middelalderens klippefaste tro på kirkens nødvendige medvirke ved sjælens frelse i det hinsides tilflød der birgittinerne enorme rigdomme i form af fast ejendom, som man modtog som betaling for sjælemesser. Jordbesiddelserne bortforpagtedes, og med indtægter herfra finansierede man sine imponerende byggeprojekter.

Birgittinerne kom i det tidlige 1400-tal med en åndelig fornyelse, der fra starten havde kongemagtens allerstørste bevågenhed. Dronning Margrethe I - selv birgittiner og nært tilknyttet klostret i Vadstena - indførte ordenen i Danmark. Efterfølgerne, Erik af Pommern, Christoffer af Bayern og Christian I, gav ligeledes birgittinerne særlige begunstigelser.

Mariager Kloster måtte igennem en lang og besværlig fødselsproces, idet kræfter tilsyneladende allerede havde arbejdet for sagen samtidig med, at moderklostret i Maribo blev stiftet i 1418.

Som følge af problemer i Vadstena med opretholdelsen af klostertugten opstod der en indre krise i ordenen, da et paveligt dekret i 1422 nedlagde forbud mod, at kvinder herefter kunne optages. Forbuddet blokerede effektivt, indtil det blev ophævet i 1435.

Rosenkrantzerne og flere andre indflydelsesrige adelsslægter i Danmark etablerer i årene omkring 1440 det nødvendige økonomiske grundlag, og den 4. januar 1446 gør pave Eugen IV ved en bulle klostret til en realitet, idet han giver det navnet MARIE-AGER.

Birgittinerne går professionelt til værks, og kong Christoffer af Bayern er givetvis med i det, da en højt begavet og erfaren klosterigangsætter hentes til landet på den tid, da Mariager Kloster bliver en realitet. Denne mand, hvis navn er Severin af Koblenz, kan i de år spores rundt i Europa, hvor han organiserer det regelbundne liv i de nye birgittinerklostre. Denne munk fra Paradisoklostret ved Firenze er i Maribo i 1445 og 1447 for at vejlede danskerne i klosterjura og korrekt ordensliv i de to danske klostre.

En birgittinerstiftelse skulle, for at kunne fungere uafhængig af moderklostret, have en forsamling bestående af 60 kvinder og 25 mænd, svarende symbolsk til Roms kristne urmenigheds 85 personer. Der gik en del år, før Mariager Kloster nåede det antal beboere. Nøjagtigt hvor mange vides ikke, men klostret fungerer selvstændigt i 1467.

Mariagermunkene Niels Andersen og Peder Nielsen rejser i 1487 til en international birgittinerkonference i Sydtyskland. Et dokument fra mødet oplyser, at der i Mariager på daværende tidspunkt befinder sig 64 nonner, 9 præster, 3 hjælpepræster, 8 lægbrødre og 4 brødre ab ekstra. De sidste var munke, der levede uden for murene som åndelige og juridiske kontaktpersoner til omverdenen.

Andersens og Nielsens opgørelse svarer ikke helt til ordenens foreskrevne antal på 60 nonner, 13 præster, 4 hjælpepræster, 8 lægbrødre og 4 brødre uden for murene. Birgittas norm må dog opfattes som idealmål.

Mariager Kloster får en relativ kort levetid, idet reformationen i 1536, 90 år efter indstiftelsen, sætter punktum for et af senmiddelalderens største og mest gennemplanlagte byggeprojekter.

Ved protestantismens indførelse overtager kronen klostergodset, mens munke og nonner får lov at leve deres tid ud i Mariager. Klostret fortsætter som protestantisk stiftelse for adelige jomfruer frem til 1585. Som en af sine første embedshandlinger beordrer Christian IV i 1588 klosterbygningerne ændret og anvendt som avlsgård for det kongelige len. På nær det hus, der i dag rummer Mariager Kirkes sognegård, nedrives bygningerne i 1700-tallet, mens den stærkt forfaldne kirke delvis nedrives og ombygges til den skikkelse, den har i dag.